Cơ quan trực thuộc
- Văn phòng
- Thanh tra
- Phòng Tài chính
- Phòng Khoa học Quân sự
- Phòng Thông tin Khoa học quân sự
- Phòng Điều tra hình sự
- Phòng Thi hành án dân sự
- Bộ Tham mưu
Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Nguyễn Huy Cảnh
Phó Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Hà Quang Vinh (2016-) Sư đoàn trưởng Sư Đoàn 3 (2013-2016)
Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Đỗ Đại Phong (6.2019-) CHT BCHQS Tỉnh Thái Nguyên (2013-6.2019)
Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Hoàng Văn Năm (4.2020-) Sư đoàn trưởng Sư Đoàn 3 (9.2018-4.2020)
Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Đỗ Văn Tuấn (4.2020-) CHT BCHQS Tỉnh Bắc Kạn (4.2017-4.2020)
Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Đình Long (8.2018-)
Phó Chủ nhiệm: Thiếu tướng Ngô Quang Hưng
Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Minh Thao
Phó Chủ nhiệm: Đại tá Lê Văn Thơ (2020-nay) Chính ủy BCHQS tỉnh Bắc Kạn (2017-2020)
- Cục Hậu cần
- Chủ nhiệm: Đại tá Trần Minh Toản
- Chính ủy: Đại tá Chu Đức Minh
- Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Văn Hát
- Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Trọng Hiệp
- Cục Kỹ thuật
- Chủ nhiệm: Đại tá Vũ Trọng Hợp
- Chính ủy: Đại tá Ngọ Quang Trinh
- Phó chủ nhiệm: Đại tá Lương Thanh Bình
- Phó chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Văn Thắng
Đơn vị trực thuộc Quân khu
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Cao Bằng
Chỉ huy trưởng: Đại tá Đàm Minh Diện (07.2019-)
Chính ủy: Đại tá Ngân Bá Đinh
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bắc Kạn
Chỉ huy trưởng: Đại tá Nguyễn Đình Huỳnh (4.2020-)
Chính ủy: Thượng tá Bế Hải Triều
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Lạng Sơn
Chỉ huy trưởng: Đại tá Lê Xuân Thuân
Chính ủy: Đại tá Lê Văn Bền
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bắc Giang
Chỉ huy trưởng: Đại tá Lê Văn Thắng
Chính ủy: Đại tá Vũ Đức Hiền (02.2020-)
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Thái Nguyên
Chỉ huy trưởng: Đại tá Nguyễn Văn Đồng (6.2019-)
Chính ủy: Đại tá Ngô Hồng Thái
- Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bắc Ninh
Chỉ huy trưởng: Đại tá Nghiêm Đình Trung (02.2020-)
Chính ủy: Phạm Huy Đông
- Sư đoàn Bộ binh 3 - Sao Vàng - Lạng Giang, Bắc Giang[7]
- Sư đoàn bộ binh 346 - Tân Trào - Phú Lương, Thái Nguyên
- Sư đoàn KTQP 338 - Lộc Bình, Lạng Sơn[8] Cao Lộc, Lạng Sơn
- Sư đoàn KTQP 799 - Bảo Lâm, Cao Bằng[9]
- Lữ đoàn Pháo binh 382[10] Thịnh Đức, Thành phố Thái Nguyên
- Lữ đoàn Phòng không 210[11] Thành phố Thái Nguyên
- Lữ đoàn Công binh 575[12] Hoá Thượng, Đồng Hỷ, Thái Nguyên
- Lữ đoàn Tăng - Thiết giáp 409[13] Yên Thế,Bắc Giang
- Lữ đoàn Thông tin 601[14] Đồng Hỷ, Thái Nguyên
- Trường Quân sự Quân khu 1[15] Thượng Đình, Phú Bình, Thái Nguyên
Hiệu trưởng: Đại tá Nguyễn Xuân Phong
Chính ủy: Đại tá Nguyễn Văn Thanh
- Trường Cao đẳng nghề số 1 - Thành phố Thái Nguyên, Thái Nguyên
- Trường bắn Quốc gia Khu vực 1[16] Lục Ngạn,Bắc Giang
Chính ủy: Đại tá Đinh Công Lý
- Công ty Việt Bắc[17] Thành phố Thái Nguyên, Thái Nguyên
Đơn vị trực thuộc Cục
- Bệnh viện Quân y 110, Cục Hậu cần[18] cơ sở 1 Thành phố Bắc Ninh. cơ sở 2 Thành phố Bắc Giang (cs2 nguyên là bvqy 43 quân đoàn 2)
- Bệnh viện Quân y 91, Cục Hậu cần[19] Phổ Yên,Thái Nguyên
- Trung đoàn Vận tải 651, Cục Hậu cần[20] Hóa Thượng,Đồng Hỷ,Thái Nguyên
- Phân đội (tiểu đoàn) Đặc công 20 (còn gọi: Đặc công Việt Bắc), Bộ Tham mưu[21]
- Tiểu đoàn Pháo binh 13, Bộ Tham mưu[21]
- Tiểu đoàn Phòng hóa 23, Bộ Tham mưu[21]
- Tiểu đoàn Trinh sát 31, Bộ Tham mưu[21]
- Toà án Quân sự, Cục Chính trị
- Viện kiểm sát Quân sự, Cục Chính trị
- Đoàn An điều dưỡng 16, Cục Chính trị
- Kho K15, Cục Kỹ thuật[22]
- Kho K21, Cục Kỹ thuật[23]
- Kho K23, Cục Kỹ thuật[22]
- Kho K56, Cục Kỹ thuật
- Kho K818, Cục Kỹ thuật[22]
- Xưởng X79, Cục Kỹ thuật[22]
- Tiểu đoàn 97, Bộ Tham mưu
- Tiểu đoàn 15 (Vệ binh - Kiểm soát quân sự- Quân Nhạc), Bộ Tham mưu
- Trại giam T82
